前人类与普通人类之间的种族战争已经到了白热化的阶段。 野野村队长去世后，吉川（北村一辉 饰）、佐绫当麻（户田惠梨香 饰）和芬龙濑文美（加濑凉 饰）等人聚集在不明总部，苦苦思索 J 教授的真实身份。 没想到，正当当麻弄清楚真相时，警察医院里的成人和儿童SPEC持有者惨遭屠杀。 愤怒的当麻无法压制封印在体内的SPEC。 她狂奔，出现在帝王会议上。 在犹大、世海（向井里 饰）、纯（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛的第三个预言实现了。 天空中升起一朵恐怖而耀眼的蘑菇云。 数以千计的八英尺高的云彩遮盖了天空。 被欲望主宰和毒害的世界迎来了毁灭的时刻。 命运的交汇处，头麻和汾流能否阻止世界的没落？
