22世纪末，被人类称为“加美拉斯”的未知外星生物占领了火星，持续向地球发射带有强烈抛射物的小行星炸弹，造成地球人民伤亡无数，濒临崩溃。 灭绝并被迫返回火星。 在地下生存。 在这个紧要关头，人类组建了太空舰队远征火星，结果险些失败。 侥幸逃脱的大和号，成为了人类最后的希望。 与此同时，一个神秘装置穿越银河系数千英里，坠入地球。 经过测试，发现该装置可以消除放射性物质。 为了向装置主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星上的高智慧生物寻求帮助，人类决定做出孤注一掷的决定，派出了大和号进行了这次探险。 在火星之战中失去兄弟的前宇宙舰队成员小新（木村拓哉饰）被召回队伍，与一群朋友成为了这一伟大历史时刻的见证者。 而了解人类动向的加梅拉斯也发起了一波又一波的致命攻击……本片改编自松本零二的同名原作。
