延续前作《哥斯拉绝对零炮》的故事。维修组成员中条义人在八王子基地负责修理机龙。有一天，中条在叔叔新一的别墅度假时，来自Baby的小美精灵 岛屿出现在他们面前，小美女给了他们一个忠告：人类用哥斯拉的骨头制造机器龙是一个严重的错误，如果使用机器龙，摩斯拉将成为人类的敌人 于是新一试图说服身为首相的老朋友五十岚，希望阻止机龙的计划，但就在此时，哥斯拉再次出现在太平洋……2004年是哥斯拉诞生50周年。 出现在大银幕上，在前作《哥斯拉×机械哥斯拉》中，1954年排名第一的由哥斯拉骨头制成的机器龙首次出现，并与哥斯拉展开了激烈的战斗。 这一次，哥斯拉与同类之间的战争终于结束了。 关键在于曾经袭击东京的魔斯拉和婴孩岛的小美女。 一直守护魔斯拉和小美女的语言学家中条真一，将这个任务交给了在机龙维修队工作的侄子义人。 或许他能感受到哥斯拉系列电影的历史传承！ 至于典型的战斗场景，国会大厦、东京塔等众多象征东京的地标建筑被毁。 与之前的作品相比，它们更加引人注目。 且不说特效，电影中人与人之间的情感关系也值得一看。 对义人的内心纠葛、他与操作员的对立等复杂情感也有很多深刻的描述。
