2002年X档案发生六年后,前联邦探员达娜·斯卡利(吉莲·安德森饰)被调往教会医院担任医生,而福克斯·穆德(大卫·杜楚尼饰)过着与世隔绝的生活,继续关注超自然现象。 有一天,联邦调查局探员前来寻求帮助。 一段时间以来,弗吉尼亚州有几名女性神秘失踪,其中包括一名联邦特工。 由于约瑟夫神父(比利·康诺利 Billy Connolly 饰)声称亲眼目睹过犯罪现场,联邦调查局希望拥有丰富超自然案件经验的穆德和斯卡利协助调查。 然而,随着调查的深入,Mulder和Scully发现案件远比他们想象的更加黑暗。 多年来互相帮助的伙伴们面临着巨大的考验……本片是同名美剧的第二部剧场版。