延续上一季的剧情，原来Mulder被骗了。 及时发现错误后，他与斯卡利勾结，欺骗政府高层官员，以潜入“普通联邦调查局特工不应该进入的地方”收集必要的信息。 。 这一季的进展越来越精彩，一些尚未完全转变的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。 斯嘉丽在被绑架时被切除了子宫，但今年她的孩子艾米丽出生了。 今年，制作团队甚至聘请了两位知名科幻作家为两集客串剧本。 今年还有一部喜剧。 整个X档案为了配合电影的上映，增加了一些角色和内容。 “辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再次接近真相。 Mulder前女友的出现也对Mulder和Scully之间的关系带来了重大考验。 随着斯莫克烧毁了所有 X 档案，这一季结束了。
