卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德即将在玛丽被处决之前被处决）醒来，发现自己被索菲亚（玛丽昂·歌迪亚饰）选中加入一个可以将人类从暴力冲动中解放出来的项目。 虚拟现实机Animus可以让用户体验祖先的记忆。 被绑在机器上后，卡勒姆·林奇意识到自己是西班牙宗教裁判所时期的刺客阿奎拉的后裔。 他们正在寻找可以打断自由意志的伊甸苹果。 在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 Jeremy Irons 饰）的压力下，索菲亚不情愿地控制着卡勒姆·林奇。 他回到过去探索现代世界中伊甸苹果的下落，这威胁着他的身心健康。 。 但在杀手同伙穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）向卡勒姆·林奇暗示并提醒他艾伦可能有不纯粹的动机后，卡勒姆·林奇开始重新思考自己的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……
