高级特工伊森·亨特（汤姆·克鲁斯饰）也经历过一段孤独的时刻。 当他接到最新的任务时，却遭到神秘组织“辛迪加”的暗算，落入对手手中。 该辛迪加是一个由来自世界各地的前特工组成的秘密组织，之前一直被中央情报局视为毫无根据。 在对方成员伊莎·福斯特（丽贝卡·弗格森饰）的帮助下，伊森逃脱并及时向威廉·布拉德（杰瑞米·雷纳饰）报告。 据说是要询问有关辛迪加的确切存在的信息。 然而，布莱德此时的日子并不好过。 他负责的国际货币基金组织机构因俄罗斯核弹头等事件而受到中央情报局指控并勒令解散。 得知该组织密谋刺杀奥地利总统后，伊森联系老搭档本吉·邓恩（西蒙·佩吉 Simon Pegg 饰）发起行动，并再次遇见了神秘女孩伊莎。 在接下来的一系列事件中，辛迪加的真面目逐渐被揭开，他们的真正目的也终于显露出来……
