故事发生在距离现在不远的未来。我们人类所认识的世界似乎并没有发生太大的变化。然而，近期却不断有“外星猛兽”在世界各地制造混乱的报道。为了秘密解决这个问题，一个世界性的组织成立了。防卫组织TLT的日本分支被称为TLT-J。TLT-J的下属组织是夜间袭击者NR（NightRaider）。他们的任务是秘密消灭外星猛兽。战绩骄人的新敌人异兽突然出现在夜袭队面前，夜袭队陷入了苦战。这时，光之巨人奈克萨斯奥特曼出现了。奈克萨斯奥特曼的能力者姬谷隼也登场。Nexus利用相位的褶皱创造出自己的战斗空间“MetaRealm”。变得巨大之后，他将异兽拉入了这个空间之中进行战斗。而且，TLT的特种飞行器在与Nexus联合作战后也可以进入这个空间。TLT的新成员一辉古门与和仓队长等成员一起处理繁忙的任务。但自从认识了纪雅准之后，他就对自己的任务以及周围的环境产生了怀疑。该组织到底隐藏着哪些秘密？团队成员的过去又是怎样的呢？奈克萨斯和外星兽的真实身份是什么？・・・古门与姬雅准建立了深厚的友谊，并开始一步步揭开谜团。
