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漆黑的夜晚，一名间谍悄悄潜入日本警察机构，窃取了记录各国情报机构重要数据的绝密数据。日本警方和FBI特工赤井修一（池田修一配音）立即开始追捕这名间谍。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南配音）和朋友们去东都水族馆观光，发现了受伤的美女（天海佑希配音）。该女子处于失忆状态，手机也损坏无法使用。柯南等人答应帮助她恢复记忆。就在他们谈论的时候，躲在暗处的黑人组织成员贝尔莫德（小山妈咪配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子过人的身手和奇怪的言行让灰原爱（林原惠美配音）怀疑自己的真实身份。刚才在平静的水族箱里沉浸在幸福之中的人们，一定会想到，随着神秘女子技能的恢复，他们很快就会被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
