日暮戈薇是一名15岁的普通女孩，就读初中三年级。有一天，她无意间通过自家神社的枯井穿越到了五百年前的战国时代。当时，硝烟四起，妖怪横行，世间一切生灵一片废墟。戈薇在神树下遇见了被封印的半妖犬夜叉。五十年前，一心想成为真正怪物的犬夜叉，为了得到四魂玉，结识了强大的灵性魔女桔梗。经过一段时间的相处，两人产生了感情。犬夜叉因此希望成为人类，而桔梗也计划在净化四魂玉后回归平凡的生活。然而，贼鬼蜘蛛对桔梗怀有恶念，将自己的灵魂和身体牺牲给怪物，转生为邪恶的半妖奈落。在他的怂恿下，犬夜叉被桔梗封印在神树上，重伤的桔梗也在悲痛绝望中死去。桔梗转世的戈薇救出了犬夜叉，却不小心将四魂玉射成了碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及后来遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了一段充满艰难险阻的旅程……
