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阳光明媚的一天，铃木财团斥巨资建造的铃木塔举行了盛大的开幕仪式。柯南（高山南配音）和他的好朋友自然受邀前往。不料，一名游客突然被远处建筑物发射的子弹击中身亡。柯南锁定了凶手，展开果断追击。然而对方胆大包天，公然炸毁了拦截他的警车，在重重围攻中逃脱。此后，FBI和日本警方成立了联合调查总部。通过朱迪·斯特林（一条美雪配音）的介绍，得知嫌疑人很可能是前美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功卓著的亨特曾荣获银星勋章，但后来被战友指责违反交战原则，射杀手无寸铁的平民。此后，他在战场上遭受了终生的创伤，人生彻底陷入了低潮。这次他以神秘狙击手的身份出现，显然是想为那些毁掉他一生的人报仇。狙击事件接二连三地发生，整个东京陷入了极大的恐慌……
