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堂本一辉是一位著名的钢琴家。两年前，他突然宣布不再弹钢琴，转而专注于管风琴。他还斥资修建了堂本音乐厅，并计划在竣工当天举办一场音乐会。然而，音乐会开始前，堂本音乐学院的学生接连死亡，先是爆炸，然后是个别被杀。园子带着柯南和他的朋友们去排练，并认识了女高音秋叶丽子。拥有绝对音乐感的秋婷也开始遭遇危险：润生茶被下药，在森林浴时被气枪袭击，甚至在试镜当天遭到袭击。头晕的。然而，正是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图将秋婷排除在谋杀之外。音乐会在这里正式开始，却不知道音乐厅外发生了爆炸。小兰、灰原哀以及音乐厅里的千余人顿时陷入了危险之中。绝对的音乐性成为唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，想要在罪犯引爆最后一颗炸弹之前找到他。
