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阳光明媚的一天,少年侦探团的江户川柯南(高山南配音)、毛利小五郎(小山力也配音)、小兰(山崎风奈配音)和伙伴们来到了京都。他们即将登上自卫队宙斯盾号。战舰,体验出海作战的感觉,期间你还结识了美丽而又有些神秘的女自卫队队员藤井七海(柴由纪配音)。没想到,愉快的气氛很快就被惊慌所取代。战舰上突然发现断臂,失踪的自卫队员引发军方恐慌和猜测。原来,来自某国的神秘间谍X已悄悄登上神盾,伺机窃取战舰绝密情报。为了寻找隐藏的对手,柯南与灰原爱(林原惠美配音)、阿笠博士(绪方健一配音)、服部平次(堀川亮配音)、远山和叶(宫村优子配音)合作,推出了与间谍的一系列斗智斗勇……