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阳光明媚的一天，少年侦探团的江户川柯南（高山南配音）、毛利小五郎（小山力也配音）、小兰（山崎风奈配音）和伙伴们来到了京都。他们即将登上自卫队宙斯盾号。战舰，体验出海作战的感觉，期间你还结识了美丽而又有些神秘的女自卫队队员藤井七海（柴由纪配音）。没想到，愉快的气氛很快就被惊慌所取代。战舰上突然发现断臂，失踪的自卫队员引发军方恐慌和猜测。原来，来自某国的神秘间谍X已悄悄登上神盾，伺机窃取战舰绝密情报。为了寻找隐藏的对手，柯南与灰原爱（林原惠美配音）、阿笠博士（绪方健一配音）、服部平次（堀川亮配音）、远山和叶（宫村优子配音）合作，推出了与间谍的一系列斗智斗勇……
