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柯南、灰原以及少年侦探团成员步美、光彦、源太水博士当天结束露营，绕道参观了西多摩市富士山前新建的日本第一座双塔摩天大楼。森小五郎也恰好是双子塔的主人。，他的同学常盘澪邀请他和小兰、园子一起参加开幕式。澪向他们介绍了以画富士山而闻名的画家峰水一树、市议员岩松大木、双子塔的设计者风间秀彦（森谷帝二的弟子，第一集中森谷曾挑战新一），天才程序员原创。这期间，海媛的行为有些反常。大木提前进入B塔并被杀。目暮警官开始调查，发现他和澪似乎有着不寻常的关系。不久原也在家中被杀。由于现场有类似日本画家作画时使用的砂浆的小酒杯碎片，这两起案件似乎是一人所为。柯南将小玻璃杯与灰原曾经工作过的绰号为饮料的黑暗组织联系起来，并注意到第二个箱子的碎片上没有血迹。与此同时，他找到了海媛行为异常的原因，却发现她被跟踪。而园子俏皮的发型让她看起来很像雪莉（灰原饰）。在开幕招待会上，澪在向宾客展示如月最珍贵的富士山画时被杀。她死亡的景象就像横跨富士山中部的双塔的缩影。她的身下还有一个小酒杯，但完好无损。地上一颗本来应该挂在澪脖子上的珍珠让柯南将注意力转向了如月。紧接着，A栋Mio公司电脑文件所在楼层和地下配电室发生爆炸。逃跑的瞬间，柯南注意到有枪瞄准了圆子，他脑子里已经有了所有问题的答案。然而，他和小兰等人最迫切需要解决的，却是如何逃离火海。
