这是未来五十年的另一个故事，当世界被吞噬和荒凉时。由于突然的怪物被破坏而失去了稳定性。由于人类文明现有的武器被众神的本能失效，生化科技公司成功地利用众神的细胞研发了所谓的生化武器。同时组织了特种部队。从此，人类终于获得了对抗荒神的力量。于是，追求知识极致的荒神与追求物种延续的人类之间的斗争开始了。灭亡结束时，是神先成为人，还是人先成为神？比赛开始。GODEATER的任务是击退地下住宅区附近的Aragami，并带回Aragami的核心和材料。在此背景下，玩家将扮演魔法使者的角色，开始每一天都与死亡擦肩而过。
