2029年3月的某一天，某国大使馆被一群进行过大规模假肢改造的武装人员入侵，密密麻麻的外国使节及其亲属被劫持为人质，形势极为严峻。紧迫的。草薙元子（坂本真绫配音）召集了巴特（松田健一郎配音）、户草（新垣太郎配音）等强大的部下，制定了周密的营救计划。没想到，当一切按计划进行时，意外却突然发生了。与此同时，在离大使馆不远的一座摩天大楼里，日本首相被密码箱炸弹暗杀，元子的前任上司、501军的团长黑日（浅野真由美饰）也遇难。爆炸。经过仔细调查，本子等人发现，一种可以篡改记忆的病毒正在网络上传播，而她的身世其实与一系列事件息息相关。在当前的危机中，阴谋悄然浮出水面……本片改编自正宗士郎的同名原作，是其诞生25周年的纪念作品。
