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科学家本(ZachGalifianakis)属于美国政府的一个神秘部门。它用高科技手段训练豚鼠说话和思考，训练它们成为特工。然而，本的部门正面临被联邦调查局关闭之际。为了证明他和豚鼠特工的能力，本命令豚鼠特工团队的负责人——老鼠达尔文（山姆洛克威尔配音）渗透到控制论行业。首席执行官罗纳德赛博（BillNighy）的办公室，正在寻找罗纳德向中东国家出售军用高科技芯片的证据。达尔文毫不逊色，有Braster（TracyMorgan配音）、Valles（PenelopeCruzPenélopeCruz配音）、Mochithefly和Specks（NicolasCage配音）等成员迅速行动。这些豚鼠特工虽然个头不大，但身手不错。他们成功闯入罗纳德的办公室并下载了重要信息。然而，这场冒险才刚刚开始……
