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漆黑的夜里，一名间谍悄悄潜入日本某警察局，窃取了记录各国间谍机构关键数据的绝密文件的绝密数据。日本警察和联邦调查局特工赤井秀一（池田秀一配音）立即追捕间谍。最后，逃犯的车从悬崖上掉了下来。次日，柯南（高山南配音）和小伙伴们来到东渡水族馆观光，直到发现了一位美丽的受伤女子（天海雨希配音）。该女子处于失忆状态，手机已损坏无法使用。柯南等人答应帮她恢复记忆。说话间，躲在黑暗中的黑衣组织成员贝尔莫德，冷冷的注视着一切。在相处的过程中，女人非凡的身手和古怪的举止让灰原爱（林原惠美配音）怀疑她的真实身份。刚才在平静的水族馆里沉浸在幸福中的人，本以为随着神秘女子技能的恢复，他们很快就会被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
