全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫军（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的攻击。 如今，人类对自然世界的破坏和全球变暖日益严重。 一天晚上，宇宙贝壳怪物巴赞甲出现。 地球防卫军的清理行动遇到困难，日善仁率领的特种部队陷入绝境。 这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临。 这是一个身份不明的大型外星人，代号为数十年来一直在宇航员中流传的传闻。 随后，元藤被召唤到指挥中心，突然接到了成为特殊怪物对应特遣队（SKaRD）指挥官的任务。 SKaRD是一支秘密组织的特殊怪物应对小组。 他麾下的这支特种部队主要驾驶巨型妖形机器人阿斯加隆对抗妖灾。 同时，他还奉命调查巴赞加之战中出现的奥特曼是否是必须消灭的敌人。 “我会解决的。” 现在，在烈焰奥特曼的带领下，斯特林曼队长将与新组建的SKaR合作……
