2002年冬天，横滨大桥突然被战斗机炸毁。 虽然媒体报道称是自卫队战斗机造成的，但实际上战斗机并不存在。 公众对自卫队普遍不信任。 特种车辆二课二队队长后藤（大林龙介 配音）发现此事与1999年事件中失踪的自卫队队员都筑有关。1999年，日本地面机器人队 自卫队卷入了一起事件。 联合国维和部队全军覆没。 而哲智正是特车二课一队队长南云（榊原凉子 配音）的原来恋人，公众的不信任感已经达到了顶峰。 戒严的东京正面临重大骚乱，人们笼罩在战争一触即发的危机之中。 在自卫队王牌成员荒川的帮助下，后藤（大林龙介 配音）和娜云追查了哲智的下落。 后藤招募了泉（三菜富永 配音）、筱原（古川敏夫 配音）等特种车辆二课原成员，并发射 PATLABOR 机器人攻击哲智的基地……本片由押井守执导并推出 《机动警察PATLABOR》剧场版第2弹。
