工藤新一是一位全国知名的高中侦探。 当他追捕黑衣人犯罪团伙时，不幸被团伙成员发现。 工藤新一被打晕并喝下魔法药水后，又变回了一个孩子！ 新一找到了经常支持和帮助他的阿里博士，阿里博士为他量身打造了许多间谍武器。 为了防止犯罪团伙对自己进行报复，新一决定匿名秘密追踪他们，希望能得到解药。 一天，欣怡的女友毛丽兰来到阿里博士家寻找男友的下落。 被小兰撞见的心仪无奈之下补了个名字，给自己取名江户川柯南，随后柯南就住在了小兰家里。 小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探。 新一可以与他合作处理四起案件，以追查夜人的下落。 柯南在小学认识了步美等小学生，他们一起组织少年侦探队向犯罪分子宣战！
