也许在过去，也许还没有，人类已经大规模殖民了宇宙。 当人口膨胀到5000亿时，分散在宇宙各个角落的人类回到了自己的家园地球，却引发了一场伤亡惨重的回归战争。 为了保护地球上这个神圣的地方，人类建立了盖亚制裁，并同意不允许任何人插手这里。 然而，曾经担任联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）背叛了盖亚的制裁，驾驶着他的阿卡迪亚，举起了叛乱的旗帜，成为了逃亡一百年的通缉犯。 联合舰队司令伊索拉（森川智之 配音）命令弟弟山（三浦春马 配音）潜入阿卡迪亚，探索尼伯龙根人发明的永动机的秘密。 在此期间，哈洛克率领船员逼近地球，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网，阻挡他的前进。 遥远的故乡、久违的真相让所有人震惊……本片改编自松本零二的经典科幻漫画。
