受古代文明留下的信息启发，成立了一个名为“阿卡姆”的非政府组织。 旨在保护和封印受损的超古文明遗迹。 参与《阿卡姆》的优秀人员被称为SPRIGGAN。 其中，一号特工是一名十七岁的少年，名叫三上悠（森久保正太郎 配音）。 在土耳其的一次调查中，“阿卡姆”意外发现了诺亚方舟。方舟中隐藏着毁灭天地的神秘力量，因此很多组织开始刺探这个传说中的远古遗迹。 美国派出一队半机械人与“阿卡姆”展开废墟争夺战。 而其中一位自称上帝的年轻归正者竟想私自利用诺亚方舟引发第二次洪水毁灭世界……上帝女神苗宇能否阻止这种猖獗的装置呢？ 世界会终结吗？
